اورژانس
اين بخش در طبقه همکف ساختمان شماره 3 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) واقع شده و با 11 تخت فعال و با حضور پزشكان عمومي مقيم اورژانس، پرستاران و كاركنان دوره ديده ، بطور 24 ساعته آماده ارائه خدمات پزشكي اورژانسی می باشد.
داخلی قلب
بخش داخلی قلب در طبقه اول ساختمان شماره 3 و در مجاورت بخش CCU واقع شده كه دارای10 تخت بستری بوده كه از اين تعداد 2 اتاق دو تخته و 1 اتاق سه تخته و 3 اتاق يك تخته مي باشد و همچنین ارائه خدمات اکو و تست ورزش در مجاورت بخش انجام می گردد .
CCU و Post CCU
بخش CCUبيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه دوم ساختمان شماره 5 بيمارستان قرار دارد و با 14 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران می‌پردازد. همچنين 10 تخت به‌عنوان Post CCU جهت بستری بیماران اختصاص‌یافته است .
اتاق های عمل
مجموعه اتاق های عمل در طبقه دوم ساختمان شماره 3 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) با 5 اتاق عمل با تجهيزات مدرن و كاملاً پيشرفته براي اعمال جراحي در تخصص هاي مختلف با همكاري مجربترين پزشكان و پرسنل در طول 24 ساعت فعال مي باشد.
ICU
بخش ICU بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه دوم ساختمان شماره 3 بيمارستان ،در مجاورت اتاق عمل قرار دارد و با 7 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران با وضعیت ویژه می‌باشد . این بخش در سطح درجه‌یک ارزشیابی شده است و کادر درمانی متبحر و تجهیزات مدرن، آن را برای مراقبت از بیماران بدحال مناسب ساخته است.
داخلی و جراحی مردان
بخش داخلی در طبقه دوم ساختمان شماره 5 و در مجاورت بخش CCU واقع‌شده كه دارای 23 تخت بستری بوده كه از اين تعداد 5 اتاق سه تخته و بیشتر و 7 اتاق یک‌تخته و 1 اتاق ایزوله می‌باشد. بيماراني كه در این بخش بستري مي گردند شامل بیماران داخلی مي باشد.
داخلی و جراحی زنان
بخش جراحی در طبقه دوم ساختمان شماره 4 واقع شده كه دارای 27 تخت بستری مي باشد. بيماراني كه در این بخش بستري مي گردند شامل بیماران داخلی و جراحي زنان مي باشد.
مامایی
بخش مامایی بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه اول ساختمان شماره 5 بيمارستان قرار دارد و با 27 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران می پردازد. این بخش با در اختیار داشتن پزشکان متخصص زنان و کادر پرستاری و کارشناسان مامایی در هر شیفت به مراجعه کنندگان خدمات رسانی می کند. موارد بستری در این بخش شامل بیمارانی با اعمال جراحی هیسترکتومی، سزارین، زایمان طبیعی، حاملگی خارج از رحمی، کیست تخمدان و.... می باشند.
زایشگاه
در طبقه اول ساختمان شماره 4 بیمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در مجاورت بخش نوزادان و NICU واقع شده و با 9 تخت فعال و تجهیزات مدرن و پزشکان و ماماهای مجرب به بیماران به صورت شبانه روزی خدمات رسانی می نماید. در این بخش کلیه اقدامات و مراقبت های زایمان از جمله : زایمان طبیعی، زایمان فیزیولوژیک، زایمان بدون درد ، پره اکلمسی، سرکلاز و ... انجام می شود. ضمناً در زایشگاه، یک اتاق جهت زایمان در آب تجهیز گردیده است . این مرکز دارای لوح تقدیر دوستدار کودک از وزارت، بهداشت ودرمان و آموزش پزشکی می باشد.
بخش نوزادان و NICU
بخش نوزادان و بخشNICU در سال 1394 راه اندازی گردید که بخش نوزادان در حال حاضر با 13 تخت فعال و بخشNICU با 6 تخت فعال مشغول ارائه خدمت می باشد که با استفاده از امكانات و تجهيزات پزشكي مجهز، به درمان فوق تخصصی نوزادان (از زمان تولد تا 1 ماهگی ) می پردازد و توسط متخصص کودکان مقیم مرتباً تحت نظارت و کنترل می باشد . اين بيمارستان در سال 1396 بعنوان بيمارستان دوستدار كودك شناخته شده و روش هم اتاقي مادر و نوزاد به طور كامل اجرا مي گردد .
ادمیت
بخش اطفال در طبقه دوم ساختمان شماره 4 با 7 تخت اطفال با فضایی مناسب و امکانات بازی کودکان می باشاين بخش در طبقه اول ساختمان شماره 5 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) واقع شده است و از سال 1396 با 12تخت فعال شروع به فعاليت نموده است . بيماراني كه قبل از عمل جراحي در اين بخش بستري مي گردند، شامل جراحي های عمومی، ERCP ، جراحي هاي زنان و ... مي باشد که پس از آمادگي به اتاق عمل منتقل مي گردند و پس از عمل جراحي مستقيماً به بخش هاي باليني و يا ويژه منتقل خواهند شد. پس از ورود بيمار از واحد پذيرش به بخش ادمیت، مراتب به اطلاع پزشك معالج رسانده مي شود و دستورات لازم از قبيل اقدامات پاراكلينيكي، آزمايشات خون، مشاوره ها و ... پيگيري و انجام مي گردد.
همودیالیز
بخش همودياليز اين مركز با 21 دستگاه دياليز پيشرفته به بيماران سرويس دهي مي كند. كادر مجرب و آموزش ديده اين مركز همراه با فضاي آرام محيط دياليز، مناسب براي افرادي است كه نياز به خدمات دياليز به صورت فوري يا مزمن دارند. اين مركز همه روزه (به جز روز هاي جمعه) در سه شيفت از ساعت 23-7 مشغول فعالیت می باشد و در صورت نياز فوري بيماران بستري در بخش ها در شيفت شب (بصورت آنكال) به ارائه سرويس مي پردازد. پذيرش بيماران از طريق واحد بيماري هاي خاص معاونت درمان دانشگاه علوم پزشكي اصفهان صورت مي گيرد.
اطفال
بخش اطفال در طبقه دوم ساختمان شماره 4 با 7 تخت اطفال با فضایی مناسب و امکانات بازی کودکان می باشد . به ارائه خدمت به بیماران می پردازد.
اورژانس سرپایی
اين بخش در طبقه همکف ساختمان شماره 6 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) واقع شده و آماده ارائه خدمات سرپایی به مراجعین می باشد .