داروخانه شامل دو بخش داروخانه سرپایی و بستری مي باشد. داروخانه در طبقه همکف ساختمان شماره 1 واقع شده است . داروخانه سرپایی از بدو راه اندازی دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) فعاليت خود را آغاز نموده و توسعه یافته است که به صورت شبانه روزی آماده خدمت رساني به مراجعین محترم مي باشد. طرف قرار داد اين داروخانه بيمه هاي خدمات درماني، تأمين اجتماعي، نيروهاي مسلح و بسياري از بيمه هاي تكميلي مي باشد. اين داروخانه علاوه بر كليه داروهاي مورد نياز مراجعين، حاوي لوازم بهداشتي و تجهيزات پزشكي مي باشد.
