اورژانس
اين بخش در طبقه همکف ساختمان شماره 3 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) واقع شده و با 11 تخت فعال و با حضور پزشكان عمومي مقيم اورژانس، پرستاران و كاركنان دوره ديده، بطور 24 ساعته آماده ارائه خدمات پزشكي اورژانسی می باشد.
داخلی قلب
بخش داخلی قلب در طبقه اول ساختمان شماره 3 و در مجاورت بخش CCU واقع شده كه دارای 10 تخت بستری بوده كه از اين تعداد 2 اتاق دو تخته و 1 اتاق سه تخته و 3 اتاق يك تخته مي باشد و همچنین ارائه خدمات اکو و تست ورزش در مجاورت بخش انجام می گردد.
CCU و Post CCU
بخش CCU بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه دوم ساختمان شماره 5 بيمارستان قرار دارد و با 14 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران می‌پردازد. همچنين 10 تخت به عنوان Post CCU جهت بستری بیماران اختصاص یافته است.
اتاق های عمل
مجموعه اتاق های عمل در طبقه دوم ساختمان شماره 3 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) با 5 اتاق عمل با تجهيزات مدرن و كاملاً پيشرفته براي اعمال جراحي در تخصص هاي مختلف با همكاري مجربترين پزشكان و پرسنل در طول 24 ساعت فعال مي باشد.
ICU
بخش ICU بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه دوم ساختمان شماره 3 بيمارستان، در مجاورت اتاق عمل قرار دارد و با 7 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران با وضعیت ویژه می‌باشد. این بخش در سطح درجه یک ارزشیابی شده است و کادر درمانی متبحر و تجهیزات مدرن، آن را برای مراقبت از بیماران بدحال مناسب ساخته است.
داخلی و جراحی مردان
بخش داخلی در طبقه دوم ساختمان شماره 5 و در مجاورت بخش CCU واقع شده كه دارای 23 تخت بستری بوده كه از اين تعداد 5 اتاق سه تخته و بیشتر و 7 اتاق یک تخته و 1 اتاق ایزوله می‌باشد. بيماراني كه در این بخش بستري مي گردند شامل بیماران داخلی مي باشد.
داخلی و جراحی زنان
بخش جراحی در طبقه دوم ساختمان شماره 4 واقع شده كه دارای 27 تخت بستری مي باشد. بيماراني كه در این بخش بستري مي گردند شامل بیماران داخلی و جراحي زنان مي باشد.
مامایی
بخش مامایی بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در طبقه اول ساختمان شماره 5 بيمارستان قرار دارد و با 27 تخت فعال به ارائه خدمت به بیماران می پردازد. این بخش با در اختیار داشتن پزشکان متخصص زنان و کادر پرستاری و کارشناسان مامایی در هر شیفت به مراجعه کنندگان خدمات رسانی می کند. موارد بستری در این بخش شامل بیمارانی با اعمال جراحی هیسترکتومی، سزارین، زایمان طبیعی، حاملگی خارج از رحمی، کیست تخمدان و.... می باشند.
زایشگاه
در طبقه اول ساختمان شماره 4 بیمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) در مجاورت بخش نوزادان و NICU واقع شده و با 9 تخت فعال و تجهیزات مدرن و پزشکان و ماما های مجرب به بیماران به صورت شبانه روزی خدمات رسانی می نماید. در این بخش کلیه اقدامات و مراقبت های زایمان از جمله : زایمان طبیعی، زایمان فیزیولوژیک، زایمان بدون درد، پره اکلمسی، سرکلاز و ... انجام می شود. ضمناً در زایشگاه، یک اتاق جهت زایمان در آب تجهیز گردیده است. این مرکز دارای لوح تقدیر دوستدار کودک از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی می‌باشد.
بخش نوزادان و NICU
بخش نوزادان و بخشNICU در سال 1394 راه اندازی گردید که بخش نوزادان در حال حاضر با 13 تخت فعال و بخش NICU با 6 تخت فعال مشغول ارائه خدمت می باشد که با استفاده از امكانات و تجهيزات پزشكي مجهز، به درمان فوق تخصصی نوزادان (از زمان تولد تا 1 ماهگی) می‌پردازد و توسط متخصص کودکان مقیم مرتباً تحت نظارت و کنترل می باشد. اين بيمارستان در سال 1396 به عنوان بيمارستان دوستدار كودك شناخته شده و روش هم اتاقی مادر و نوزاد به طور كامل اجرا می‌گردد .
ادمیت
اين بخش در طبقه اول ساختمان شماره 5 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهراي مرضيه (س) واقع شده است و از سال 1396 با 12 تخت فعال شروع به فعاليت نموده است. بيمارانی كه قبل از عمل جراحی در اين بخش بستری می‌گردند، شامل جراحی های عمومی، ERCP، جراحی های زنان و ... می‌باشد که پس از آمادگی به اتاق عمل منتقل می‌گردند و پس از عمل جراحی مستقيماً به بخش های بالينی و يا ويژه منتقل خواهند شد. پس از ورود بيمار از واحد پذيرش به بخش ادمیت، مراتب به اطلاع پزشك معالج رسانده می‌شود و دستورات لازم از قبيل اقدامات پاراكلينيكی، آزمايشات خون، مشاوره ها و ... پيگيری و انجام می‌گردند.
همودیالیز
بخش همودياليز اين مركز با 21 دستگاه دياليز پيشرفته به بيماران سرويس دهي می‌كند. كادر مجرب و آموزش ديده اين مركز همراه با فضای آرام محيط دياليز، مناسب براي افرادی است كه نياز به خدمات دياليز به صورت فوری يا مزمن دارند. اين مركز همه روزه (به جز روز هاي جمعه) در سه شيفت از ساعت 23-7 مشغول فعالیت می‌باشد و در صورت نياز فوری بيماران بستری در بخش ها در شيفت شب (بصورت آن كال) به ارائه سرويس می‌پردازد. پذيرش بيماران از طريق واحد بيماری هاي خاص معاونت درمان دانشگاه علوم پزشكی اصفهان صورت مي گيرد.
اطفال
بخش اطفال در طبقه دوم ساختمان شماره 4 با 7 تخت اطفال و با فضایی مناسب و امکانات بازی کودکان می‌باشد و به ارائه خدمات به بیماران می‌پردازد.
اورژانس سرپایی
اين بخش در طبقه همکف ساختمان شماره 6 بيمارستان و دارالشفاء حضرت زهرای مرضيه (س) واقع شده و آماده ارائه خدمات سرپایی به مراجعین می‌باشد.